Lúc đó gồm có 10 làng ( có 15 chòm). Trong đó 5 làng cắt từ xã Quang Trung, huyện Ngọc Lặc gồm: Trung Chính, Trung Nghĩa, Đồng Lực, Trung Minh và Quang Thạch; 5 làng cắt từ Cẩm Tâm gồm: Kim Thanh ( có chòm Dốt, Bái, Bàn), Kim Đồng, Phú Sơn, Án Đỗ ( gồm có chòm Nguồn, Khạt, Sấn, Ẻn, Quần và Làng Sơn Lập, với diện tích toàn xã trên 3.800ha.

Là một xã  mới được thành lập, lại được tách từ hai xã Cẩm Tâm của huyện Cẩm Thủy và xã Quang Trung của huyện Ngọc Lặc, các làng không cùng một Mường  nên Cẩm Châu có những nét riêng. Lịch sử phát triển làng, xóm của xã Cẩm Châu gắn liền với lịch sử phát triển của hai huyện Cẩm Thủy và Ngọc Lặc.

Theo Đại Nam Nhất thống chí ( Quyển VI) do Quốc sử quán triều Nguyễn biên soạn, xã Cẩm Châu là một vùng đồi núi bạt ngàn, dân cư thưa thớt, việc qquanr lý hành chính chưa vươn tới. Thời Đinh, Lê, Lý, vùng đất Cẩm Châu thuộc thuộc vùng đất Cửu Long Man. Thời kỳ Nhà Minh đô hộ nước ta, vùng đất Cẩm Thủy, Ngọc Lặc nói riêng có tên mới là huyện Lạc Thủy.

Trước thời Hậu Lê vùng đất Cẩm Châu có hai Mường lớn là Mường Ơi và Mường Ẻn, tương truyền Mường Ơi có làng Cò, làng Gò Nghĩa, làng Nạp, làng cháy, Làng Lọoc Cọoc, Làng Ơi, làng Cò Kim; Mường Ẻn có  làng hón Ngang, làng Dung, làng Lai, làng Bến Cha, làng Hào, làng Nguồn, làng Khạt, làng Ẻn và làng Sấn.

Dấu tích còn để lại đến bây giờ ở Mường ơi có Chấn Voi, tương truyền sau khi đánh trận Lỗ Giang ( dốc Mức Cẩm Bình ngày nay). Đội tượng binh của Nghĩa quân Lê Lợi đưa voi về Mường Ơi nghỉ dưỡng, voi được thả vào trong Thung Voi, nghĩa quân dùng đá xếp thành chấn voi, giưa hai bên núi đá có vũng voi đầm, có Hang Chùa, một hang khá đẹp, tương truyền Mường Ơi hàng năm có tổ chức Lễ Hội trước của hang vào ngày mùng 7 tháng giêng Âm lịch, vì trước cửa hang là một bãi đất bằng phẳng đến vài hecsta, nên người ta mới đặt tên là Hang Chùa.

Đầu thế kỷ thứ XV, nhà Hậu Lê điều chỉnh lại rang giới, Mường ơi được sáp nhập vào  Mường Rặc ( đất xã Quang Trung, huyện Ngọc Lặc ngày nay), sau khi Nhà Hậu Lê điều chỉnh lại rang giới giữa các huyện, cư dân ở hai Mường, Mường Ẻn và Mường Ơi di cư đi  các nơi. Đến thời Nhà Nguyễn, cư dân các nơi mới quay về Mường Ơi, Mường Ẻn. Lúc này ở Mường Ơi cũ chỉ có hai làng là làng Cò và làng Ơi, lập thêm làng Kim, làng Mai ở đất Trung Nghĩa ( nay nằm trong thôn Trung Độ)ở Mường Ẻn thì có làng Ẻn, Khạt, Nguồn, Quần có người đến cư trú.

Thời kỳ Nhà Nguyễn làng Kim, làng Ơi nằm đất xã Ngọc Điền của huyện Ngọc Lặc ( Thời kỳ này xã Quang Trung gồm hai xã lam Điền và Ngọc Điền, đến năm 1847 thời vua Bảo Đại  Ngọc Điền được chia làm hai xã Ngọc Điền và Phục Linh, sau đó mới sáp nhập thành xã Quang Trung ngày nay).  Làng Kim, Làng Ơi được đổi tên thành làng Trung Nghĩa, Trung Chính. Năm 1958, khi xã Quang Trung tiến hành xây dựng hợp tác xã cấp thấp để đặt tên cho các hợp tác xã Quang Trung, lấy chữ Quang đặt tên làm chữ đầu cho một số làng như Quang Hợp, Quang Vinh, Quang Tiến….Một số làng được lấy chữ Trung làm chữ đầu: Trung Hưng, Trung Chính, Trung Nghĩa…. Năm 1957-1958, đồng bào Dao ở các nơi di cư đến khu vực Trung Chính thành lập hai làng là làng Trung Minh và làng Quang Thạch. Năm 1963, đồng bào kinh ở xã Xuân Thiên ( huyện Thọ Xuân) lên định cư ở làng Trung Chính và thành lập hợp tác xã Đồng Lực.

Các làng ở Cẩm Tâm chuyển lên từ thời phong kiến ( thời vua Hàm Nghi ) do nhiều Mường cai quản làng Dốt, Bái ( thuộc đất Kim Thanh), làng Ấm ( thuộc Kim Đồng) ,  Kim Đồng, Kim Thanh thuộc ông Mường Vô Kỵ quản lý (nay  thuộc thôn Đồng Thanh); làng Án Đỗ gồm chòm Quần, Sấn Ẻn, Khạt, Nguồn nằm trong đất Mường Ẻn được lập lại lần thứ  hai cách đây khoảng hơn 200 năm, thời gia Long nhà Nguyễn, ông  Mường, Mường Khô cho một chi xuống Mường Ẻn khai phá, xây cơ lập nghiệp, mục đích án ngữ Mường Rặc không cho các thể lực phong kiến Mường Rặc chiếm cứ các vùng đất đai Mường Khô nên đến đời vua Khải Định làng Mường Ẻn được đổi tên thành làng Yên Đỗ ( ý là ông Mường, Mường Khô cho một chi xuống Mường Ẻn ở lại đây để giữ yên vùng đất Mường Khô). Đến đời vua Thành Thái thì tên làng Yên Đỗ được đổi tên thành làng Án Đỗ ( nay thuộc thôn Trung Độ).

Từ cuối thế kỷ thứ XIX đến trước cách mạng tháng Tám năm 1945, địa lý hành chính huyện Cẩm Thủy được cố định gồm 5 tổng: Quan Hoàng, Vân Tập, Cụ Lữ, Mông Sơn, Gia Dụ. Vùng Ấm, Bái, Án Đỗ nằm trong xã Cẩm Tâm thuộc tổng Vân Tập.

Cuối năm 1945, huyện Cẩm Thủy giải thể 5 tổng để tiến hành lập cơ sở hành chính cấp xã và thành lập 12 xã Cộng Hòa, Duy Tân, Đồng Minh, Khởi Nghĩa, Đồng Tâm, Cao Bằng, Thủy Dương, Thủy Chung, Vương Sơn, liên Hiệp, Ngọc Kìm, Minh Long). Làng Dốt, Bái, Ấm , Án Đỗ nằm trong xã Đồng Tâm. Cuối năm 1946, đầu năm 1947, Ủy ban hành chính kháng chiến huyện Cẩm Thủy quyết định đổi tên 12 xã được thành lập sau cách mạng tháng tám năm 1945, thống nhất đặt tên 12 xã bằng chữ đầu là Cẩm, xã Đồng Tâm được đổi tên thành xã Cẩm Tâm.

Đến năm 1690-1961, ngươi dao ở các nơi ( Hồ Điền, huyện Bá Thước; Trung Minh, Quang Thạch, Quang Trung di cư đến làng Án Đỗ và lập thành hai làng mới là Làng Phú Sơn và Sơn Lập. Làng Phú Sơn lúc đầu chỉ có 3 hộ, đến năm 1962 có thêm một số hộ nữa, lúc đầu thành lập đội sản xuất thuộc hợp tác xã Án Đỗ, sqau đó tách ra thành hợp tác xã Phú Sơn, làng  Phú Sơn có tên cho đến ngày nay.

Làng Sơn lập lúc đầu là đỗi sản xuất Sơn Lập, thuộc hợp tác xã Án Đỗ. Năm 1962 tách ra thành lập hợp tác xã Sơn Lập ( làng Sơn Lập ngày nay).

Thực hiện chủ trương định canh, định cư, xây dựng kinh tế mới của Đảng và Nhà nước, năm 1963 làng Trung Chính ( làng Ơi) đón nhận bà con người Kinh ở xã Xuân Thiên ( huyện Thọ Xuân) lên định cư với 25 hộ thành lập hợp tác xã Đòng Lực. Cũng trong thời gian này một số một số hộ ở xã Thiệu Thịnh ( huyện Thiệu Hóa) định cư lên làng Bái, làng Dốt, làng Bàn ( Kim Thanh) sống sen kẽ với người Mường. Đến năm 1979, bà con xã Hoằng Hà, huyện Hoằng Hóa lên định cư, xen kẽ với bà con làng Quần gồm có 7 hộ, sống xen kẽ với bà con làng Bái (Kim Thanh) gồm 3 hộ. năm 1987 bà con người Hoa đến sống xen kẽ với làng Án Đỗ có 2 hộ. Đến nay hầu hết các làng đều có các Dân tộc sống đoàn kết đan xen.

 Trước kia Cẩm Châu có 9 thôn gồm:  Kim Đồng, Kim Thanh, Phú Sơn, Sơn Lập, Trung Chính, Thôn Quần, Trung Nghĩa, Án Đỗ,  Trung Tâm. Đến năm 2018 thực hiện chủ trương sáp nhập thôn của Nhà nước xã Cẩm Châu còn lại 5 thôn đến nay là: thôn Đồng Thanh ( được sáp nhập từ thôn Kim Đồng và Kim Thanh ); thôn Phú Sơn và Sơn Lập do có đặc thù chủ yếu là đồng bào dân tộc Dao sinh sống, địa hình lại tách biệt nên được giữ nguyên; Thôn Trung Chính ( được sáp nhập từ thôn Trung Chính và thôn Quần); thôn Trung Độ ( được sáp nhập từ thôn Trung Nghĩa, Trung Tâm và thôn Án Đỗ). Cẩm Châu tuy là xã có nhiều đồng bào dân tộc khác nhau sinh sống như Mường, Dao, Kinh, Hoa, Thái và cả đồng bào theo Tôn Giáo nhưng bà con nhân dân các dân tộc trong xã sống đoàn kết, cùng nhau xây dựng làng, xã ngày càng phát triển.